В целом для Алтая характерен умеренный резко континентальный тип климата с отчетливо выраженным контрастом между коротким теплым и более продолжительным холодным сезонами года. Климат существенно различен на равнинной территории Алтайского края и в его предгорной и низкогорной частях.

Климатические характеристики различных частей горной части Алтая чрезвычайно неоднородны и определяются целым рядом факторов, прежде всего географическим положением (в Северо-западном, Северо-восточном, Центральном или Юго-восточном Алтае находится то или иное место) и особенностями рельефа (нахождение в межгорной котловине или на наветренных или подветренных склонах хребтов, на склоне северной или южной экспозиции).

Самое теплое лето наблюдается в районах с фенами (горно-долинными теплыми сухими ветрами), в межгорных котловинах и на побережье Телецкого озера. На склонах же высоких хребтов вообще не выделяется период с устойчивой температурой воздуха выше 10°С и неоднократны летние снегопады.

Средняя температура июля в низкогорьях и ряде котловин составляет +16-18°С, на высоте 1000-1200 м +14-16°С, в высокогорье (около 3000 м) около +6 +8°С, несмотря на то, что продолжительность солнечного сияния здесь превышает таковую в Ялте или Сочи. Однако в отдельные летние дни даже на высоте 1500-2000 м. воздух может прогреваться до +25 +30°С. Зимой микроклимат склонов хребтов обычно существенно мягче, чем в расположенных ниже межгорных котловинах, куда стекает сверху холодный тяжелый воздух, там он застаивается и сильно выхолаживается при безоблачной антициклональной погоде. В результате в зимнее время для долин Алтая характерны устойчивые температурные инверсии. С продвижением в глубь горной области нарастает суровость погоды холодного периода года, и "полюсом холода" не только Алтая, но и всей Западной Сибири справедливо считается Чуйская котловина. Здесь, в районе Кош-Агача средняя температура января составляет—32,6°С, а абсолютный минимум температуры воздуха -62°С.

Почти такие же температуры характерны для Курайской котловины и плато Укок. Хотя необходимо заметить, что подобные морозы при отсутствии ветра в сухом воздухе переносятся все-таки легче, чем пронизывающие ветра на склонах Катунского хребта, где температура воздуха может быть и выше. Теплые зимы наблюдаются также в тех районах, где высока повторяемость фенов — теплых и сухих ветров: Чемал и Кызыл-Озек, Яйлю и Беля. Последние два пункта характеризуются самой теплой зимой со средней температурой января -9,4°С не только вследствие частых фенов, но и благодаря отепляющему воздействию Телецкого озера, на побережье которого они расположены.